Sesuai Anggaran Dasar JSIT INDONESIA Pasal 7, JSIT INDONESIA menjalankan fungsinya sebagai:
- Penggerak: menjadi penggerak kemajuan pendidikan Indonesia
- Pelopor : Menjadi pelopor dalam inovasi pendidikan
- Pemberdayaan : Menjadi fasilitator pengembangan kualitas, kebutuhan anggota Jaringan Sekolah Islam Terpadu
- Koordinasi: mengkoordinasikan program kerja dan kegiatan JSIT INDONESIA.
- Monitoring dan Evaluasi: melakukan pembinaan, pengawasan, penilaian, serta standarisasi penyelenggaraan sekolah bagi anggota JSIT INDONESIA.
- Advokasi: Memberikan perlindungan, membuka akses, dan melakukan pembelaan bagi sekolah anggota JSIT.
- Kajian Strategis: Melakukan kajian kajian strategis bagi organisasi dan anggota
: